Село Домодедово получило свое название, по одной версии, по фамилии боярина, а по другой – село было местом жительства мастеров «домоделов», откуда и возникло название.
Многие годы существовала Домодедовская волость Подольского уезда, до введения нового административного районирования.
Селу Домодедово в 2001 году исполнилось 600 лет. Расположенное в устье реки Рожайи, недалеко от ее впадения в реку Пахру, село Домодедово занимало и являлось центром большого населённого района, многие сёла и деревни географически были равноудалены от села Домодедово. В результате село Домодедово стало административно-хозяйственным центром и оставалось им на протяжении пяти столетий.
Впервые село Домодедово упомянуто в духовной грамоте князя Владимира Андреевича Серпуховского в 1401 году, в которой князь завещал село «Домодедово со всеми луги» своей супруге княгине Елене Ольгердовне. В 1433 году княгиня Елена Ольгердовна, ставшая вдовой, уходит в монастырь (инокиней Евпраксией) и «дарит село Домодедово своей снохе Ульяне», жене сына Василия.
В семнадцатом веке село Домодедово, как село дворцовое, находилось во владении Романовых. До 1654 года оно являлось вотчиной Никиты Ивановича Романова, двоюродного дяди царя Алексея Михайловича. После его смерти в 1654 году село Домодедово перешло во владение царя Алексея Михайловича.
В начале XVII столетия село Домодедово располагалось по обе стороны речки Рожайки. Оно относилось к дворцовому ведомству. Перед 1646 годом в селе значится деревяннные Церкви Рождества Христова и Николая Чудотворца. В 1646 г. в селе числилось 4 двора церковных на церковной земле и 56 дворов крестьянских.
По переписи 1709 года в селе Домодедово насчитывалось 49 крестьянских дворов и 194 жителя мужского пола. Около церкви стояло 4 двора церковнослужителей. В селе находилась богадельня, в которой жили бедные и одинокие люди.
С 1710 года село Домодедово по царскому указу Петра I принадлежало князю Александру Даниловичу Меншикову. В 1728 году село у Меншикова было отписано и причислено снова к дворцовому ведомству.
Село Домодедово в середине семнадцатого века имело 56 крестьянских дворов, по тем временам, это было крупное поселение. Для сравнения можно отметить, что в селе Никитское в 1646 г. было 47 крестьянских дворов, а в селе Битягово в том же году было всего 12 крестьянских дворов. К началу восемнадцатого века в селе Домодедово осталось 49 дворов. В 1852 году в селе было 93 двора, в них проживали 821 человек: 410 мужчин и 411 женщин.
В Отечественную войну 1812 года село Домодедово оказалось в гуще боевых действий. Русская армия 5 сентября 1812 года выступила в поход к Подольску из села Мячково. Путь армии лежал вдоль берега Пахры. На ночной отдых часть колонны генерала Дохтурова остановилась в селе Ям, а часть колонны – в селе Домодедово. Главнокомандующий русской армии генерал-фельдмаршал М.И. Кутузов ночевал в одной из крестьянских изб в селе Ям, а утром выехал в Подольск, через село Домодедово.